Una dintre principalele probleme in analiza ADN o reprezinta necesitatea crearii de multiple copii ale ADN-ului analizat. Cu noile aparate de pe piata acest lucru nu mai este un incovenient.
Abordarile la nivel molecular sunt privite ca reprezentand viitorul in domeniul secventiatoarelor, deoarece ele un necesita “amplificarea” ADN-ului (adica copierea in fasii identice), inainte de fi supus procesului de secventiere. Procesul amplificarii poate introduce erori in secventa si nu functioneaza la toate fragmentele de ADN, facand dificila secventierea intregului genom ADN.
Prin evitarea acestor incoveniente, abordarea la nivelul unei singure molecule ar putea reduce timpul si costul secventierii genomului unui individ. Helicos inca nu a realizat sceventierea unui genom uman – insa a aplicat aceasta metoda pe genomul unui virus numit M13 care infecteaza bacterii. Genomul acestui virus este foarte mic, comparativ cu genomul uman, dar producatorii estimeaza ca aparatul poate secventia un genom uman pentru aproximativ 72.000 $ in 8 saptamani. Aparatul va costa aproximativ 1.35 milioane $, conform web-site-ului companiei. Metoda folosita de cei de la Helicos incepe prin faramitarea genomului in fragmente mici.
O enzima ataseaza o scurta eticheta ADN la capatul fiecarui fragment. Eticheta se leaga de o molecula ADN complementara, atasata unei platforme, ancorand fragmentul de ADN in loc. O enzima de replicare a ADN-ului este apoi atasata, impreuna cu o serie de baze, ce contin markei fluorescenti. Pe masura ce ADN-ul fluorescent se formeaza in fasii complementare cu fragmentele genomului, iar o camera preia o fotografie a fiecarei noi baze adaugate.
Aceasta metoda, numita secventiere prin sinteza, este similara in principiu cu cea folosita si de alte secventiatoare. Dar Helicos a adaptat metoda sa astfel incat sa poata detecta “lumina” de la substante individuale a ADN-ului. Celelalte tehnici necesita fragmente identice a genomului, pentru a fi supuse secventierii simultan, pentru a capta un semnal destul de puternic, util interpretarii.
Dar exista si un inconvenient: Dispozitivul poate secventia doar fragmente mici. Acest lucru limiteaza folosirea sa in secventierea unui genom mai mare. Fragmentele obtinute necesita alipirea lor, pe baza regiunilor de suprapunere, deci cu cat sunt mai mici fragmentele, cu atat este mai dificila asamblarea lor. Acest lucru ne arata ca aparatul celor de la Helicos ar avea dificultati in secventierea unui genom mare, care nu a mai fost secventiat pana atunci. Ar putea asambla cel putin 85% din genomul unei persoane, spune Timothy Harris de la Helicos, mai mult decat este necesar pentru a fi util.
Pacific Biosciences din Menlo Park – California, sustin ca dispozitivul lor de secventiere poate secventia fragmente ADN de peste 1000 de baze lungime. Compania estimeaza totusi ca aparatul lor nu va intra pe piata mai devreme de 2010.
Competitia este destul de stransa, spre tintirea sumei de 1000$ pentru secventierea genomului uman, suma care va fi atinsa in mai putin de 5 ani, conform lui Harris. “Poate va fii Helicos, poate nu. Sunt multi oameni care converg catre acea directie,” adauga el.
www.nature.com
| < Anterior | Urmator > |
|---|
